La fiscalidad de clínicas de neurología gira en torno a una pregunta: qué parte de la facturación es asistencia sanitaria exenta y cuál es un servicio gravado al 21 %. Un informe pericial reconstruye esa frontera, calcula la prorrata y valora el IVA de los equipos de alto coste antes de que lo haga una inspección.
Por Luis Miguel Larriba, Socio Director de LRB Tax & Legal. Contenido informativo.
Una clínica con ingresos de naturaleza mixta
Una consulta de neurología parece, a primera vista, un negocio sencillo: pacientes, diagnóstico, seguimiento. En la práctica, la facturación incluye pruebas neurofisiológicas, estudios de neuroimagen, rehabilitación, informes para aseguradoras, docencia y, a veces, el alquiler de equipos o salas a otros profesionales. Cada línea tiene su propia calificación en el IVA, y la mezcla afecta directamente a cuánto impuesto soportado se puede deducir.
El marco completo está en nuestro pilar sobre la fiscalidad de clínicas de neurología, y el criterio general de la exención se resume en la guía de IVA en servicios médicos y exención. Aquí explicamos qué aporta un informe pericial cuando hay que demostrar, cuantificar o negociar.
Fiscalidad de clínicas de neurología: dónde se concentra el riesgo
En la fiscalidad de clínicas de neurología hay cuatro zonas donde las discrepancias son más probables.
- La exención de la asistencia sanitaria prevista en el artículo 20.Uno.3.º de la Ley del IVA, aplicada a actos que no tienen finalidad terapéutica sobre el paciente.
- Los servicios periciales y de valoración de daño corporal, que la clínica puede prestar y que tributan de forma distinta al acto asistencial.
- La rehabilitación, exenta solo si la presta personal sanitario titulado.
- La deducción del IVA de equipos de alto coste, como resonancias o sistemas de neurofisiología.
Cada una exige pruebas diferentes, y de ahí la utilidad de un dictamen que separe los hechos de las valoraciones.
Los servicios que no son asistencia
Un informe médico elaborado para un tribunal o para una aseguradora, una valoración de secuelas, una sesión docente o la cesión de una sala a un colega no tienen como objeto diagnosticar o tratar al paciente. Por eso se consideran servicios gravados al tipo general. Si la clínica los factura junto a los actos asistenciales sin desglosar, la Administración puede reclasificar el conjunto. El perito inventaría esos conceptos, comprueba su soporte contractual y propone un esquema de facturación coherente.
Cuando paga un tercero
Que el pago lo haga una mutua o una aseguradora no altera la exención del acto asistencial. Lo que importa es la naturaleza de la prestación, no quién la abona. Sin embargo, las facturas que mezclan actos asistenciales con otros conceptos deben desglosarse. Reconstruir esa facturación, ejercicio por ejercicio y cliente por cliente, es una tarea típica de peritaje.
Equipos de alto coste y regularización del IVA
Una resonancia o un sistema de neurofisiología representan una inversión relevante. El IVA soportado solo es deducible en la parte afecta a la actividad que da derecho a deducir, y en los bienes de inversión existe una regularización posterior durante varios años si el porcentaje de deducción cambia. Una clínica cuya actividad gravada crece, o decrece, puede encontrarse con ajustes positivos o negativos años después de comprar el equipo.
El informe pericial calcula ese efecto:
- Determina el porcentaje de deducción aplicable al ejercicio de adquisición.
- Proyecta la evolución del porcentaje en los ejercicios de regularización.
- Cuantifica la diferencia entre la deducción practicada y la que habría correspondido.
- Evalúa si cabe una alternativa, como sectores diferenciados, para mejorar la deducibilidad.
En el Impuesto sobre Sociedades, la amortización de los equipos se rige por la tabla del artículo 12 de la Ley 27/2014, con un coeficiente lineal máximo y un periodo máximo según el elemento. Un enfoque comparable de análisis de maquinaria y su amortización se describe en nuestro artículo sobre existencias y maquinaria en imprentas.
Prorrata y sectores diferenciados
Quien combina operaciones exentas y gravadas solo deduce el IVA soportado en la proporción correspondiente, conforme a los artículos 102 y siguientes de la Ley del IVA. En una clínica de neurología, la proporción puede fluctuar notablemente según el peso de los servicios periciales, la docencia o los alquileres.
El artículo 9.1.º.c) permite tratar como sectores diferenciados actividades cuyos regímenes de deducción difieran en más de 50 puntos porcentuales, siempre con contabilidad separada. No es una decisión que se improvise: exige reconstruir los costes comunes y repartirlos con un criterio razonable y estable. El perito documenta ese criterio y verifica que se aplica de forma uniforme.
Contabilidad, ingresos y estimación indirecta
Cuando la Administración detecta incoherencias, el artículo 53 de la Ley General Tributaria le permite determinar los ingresos por estimación indirecta. En neurología, los datos para neutralizarla son abundantes: agendas, protocolos de pruebas, uso de equipos, consumo de material, cobros bancarios y facturación a terceros pagadores. Un informe que cruce estas fuentes y explique las diferencias convierte una discrepancia numérica en una conciliación comprensible.
El trabajo se completa con una muestra de historias clínicas que vincule cada prueba facturada con su indicación, su informe y su cobro. Esa muestra, seleccionada con criterio estadístico y explicada en el dictamen, permite extrapolar conclusiones con prudencia y señalar los casos dudosos que convenga corregir antes de que la Administración los detecte.
Para entender el papel del dictamen dentro del procedimiento, puede resultar útil el artículo sobre el informe pericial en una inspección tributaria.
Socios, retribuciones y operaciones vinculadas
Es habitual que el neurólogo titular sea socio de la sociedad y que cobre por su trabajo asistencial. El artículo 18 de la Ley del Impuesto sobre Sociedades exige valorar a precios de mercado las operaciones entre socio y sociedad cuando hay vinculación, que se fija a partir del 25 % de participación. Un informe de valoración de la retribución, comparada con la de profesionales de similar cualificación y dedicación, anticipa el criterio de la Inspección y evita ajustes inesperados.
Plazos y planificación
Las actuaciones inspectoras tienen una duración general de 18 meses desde la notificación de inicio, ampliable hasta 27 en los supuestos previstos en la Ley General Tributaria, y el derecho a liquidar prescribe con carácter general a los cuatro años. Conocer esas fechas permite acotar el análisis pericial a los ejercicios que realmente pueden revisarse y priorizar el trabajo.
Como cautela final, ningún informe asegura el resultado de un procedimiento. Su valor está en ofrecer una valoración técnica independiente, trazable y razonada, que la Administración o el tribunal podrán ponderar libremente.
Preguntas frecuentes
¿Están exentas todas las pruebas neurológicas?
Las pruebas con finalidad diagnóstica o terapéutica, como electroencefalogramas, electromiografías o potenciales evocados, están exentas cuando las presta un profesional sanitario. Quedan fuera los servicios sin finalidad terapéutica sobre el paciente, como los informes periciales o la docencia, que tributan al 21 %.
¿Qué IVA tiene un informe de valoración del daño corporal?
Tributa al tipo general del 21 %, porque no persigue diagnosticar o tratar al paciente, sino informar a un tercero. Si la clínica lo factura junto a actos asistenciales, conviene desglosarlo para no poner en riesgo la exención de estos últimos.
¿Cómo afecta la prorrata a la compra de una resonancia?
El IVA de un equipo solo es deducible en la proporción afecta a operaciones que dan derecho a deducir, y en bienes de inversión se regulariza durante varios años si el porcentaje cambia. El perito proyecta ese efecto antes de la compra o lo cuantifica después.
¿Qué ocurre si la factura mezcla conceptos?
La Administración puede reclasificar el conjunto y tratar como gravado lo que era exento. Por eso conviene desglosar actos asistenciales y servicios gravados, mantener un soporte contractual claro y poder reconstruir la facturación por cliente. Un peritaje ayuda a ordenar esa documentación.
¿Cuándo es útil un informe pericial?
Cuando hay una comprobación abierta, antes de una inversión relevante, al incorporar un socio o al preparar una venta. En todos los casos sirve para cuantificar el riesgo, documentar criterios y decidir con datos si regularizar o defender la posición.
Siguiente paso
Si tu clínica necesita un informe pericial tributario que ordene la facturación, la prorrata y el IVA de los equipos, puedes escribir a Contacto@LRB.es o llamar al +34 684 234 831 para estudiar tu caso con discreción.